રિસ્ટ્રિક્શન ઍન્ડોન્યુક્લિએઝ દ્વારા $DNA$ ને કાપવાના પરિણામ સ્વરૂપે $DNA$ ના ટુકડા થઈ જાય છે. આ ટુકડાઓને જેલ ઈલેક્ટ્રોફોરેસિસ (gel electrophoresis) તરીકે ઓળખાતી પદ્ધતિ દ્વારા અલગીકૃત કરી શકાય છે. કેમકે $DNA$ ટુકડાઓ ઋણ વીજભારિત અણુઓ હોય છે જેથી તેઓને માધ્યમ ને આધારકમાં વિદ્યુતક્ષેત્રની મદદથી ધન વિદ્યુતધ્રુવ (anode)ની તરફ બળપૂર્વક ધકેલીને અલગ કરી શકાય છે.

આજકાલ સામાન્ય રીતે ઉપયોગ કરવામાં આવતું માધ્યમ એગેરોઝ છે. તે દરિયાઈ નિંદણ (see weeds) માંથી અલગીકૃત કરાયેલ કુદરતી પોલીમર છે. એગેરોઝ જેલની ચાળણી જેવી અસરથી $DNA$ ના ટુકડાઓ તેના કદ મુજબ અલગ થાય છે. આમ, તેના ટુકડાનું કદ જેટલું નાનું તેટલું તે વધુ દૂર સુધી ખસશે. આકૃતિમાં જુઓ અને અનુમાન લગાવો કે જેલના કયા છેડા પર સેમ્પલ ભરવામાં આવ્યું હતું.

          અલગીકૃત $DNA$ ના ટુકડાઓને ત્યારે જ જોઈ શકાય છે $DNA$ ના જ્યારે આ $DNA$ ને ઈથીડિયમ બ્રોમાઈડ (ethidium bromide) નામના સંયોજન વડે અભિરંજિત કરીને $UV\,-$ કિરણો દ્વારા નિરાચ્છાદન (exposed) કરવામાં આવે (તમે શુદ્ધ $DNA$ ના ટુકડાઓને દૃશ્યમાન પ્રકાશમાં અભિરંજિત કર્યા વગર જોઈ શકતા નથી).

ઇથીડિયમ બ્રોમાઇડથી અભિરંજિત જેલ ઉપર $UV$ પ્રકાશ પાડતાં $DNA$ ના ચળકતા નારંગી રંગના પટ્ટાઓ તમે જોઈ શકો છો (આકૃતિ). $DNA$ ના પટ્ટાઓને એગેરોઝ જેલમાંથી કાપીને બહાર કાઢવામાં આવે છે અને જેલના ટુકડાઓથી અલગ કરવામાં આવે છે. આ પ્રક્રિયાને છાલન (elution) કહે છે. આ રીતે શુદ્ધ કરવામાં આવેલ $DNA$ ના ટુકડાઓને ક્લોનિંગ વાહકો સાથે જોડીને રિકોમ્બિનન્ટ $DNA$ ના નિર્માણમાં ઉપયોગ કરવામાં આવે છે.

બૅક્ટેરિયોફેઝની પ્રત્યેક કોષમાં ઘણી વધારે સંખ્યા હોવાથી  બૅકટેરિયલ કોષમાં તેમના જનીનસંકુલ (genome)ની ઘણીબધી નકલો જોવા મળે છે. કેટલાક પ્લામિડની એક અથવા બે નકલો પ્રતિકોષ હોય છે જ્યારે બીજાની $15-100$ નકલો પ્રતિ કોષ હોય છે. તેની સંખ્યા આનાથી પણ વધારે હોઈ શકે છે. જો આપણે વિદેશી $DNA$ ના ટુકડાને  બૅક્ટેરિયોફેઝ અથવા પ્લાસ્મિડ $DNA$ સાથે જોડીએ તો તેની સંખ્યા પણ  બૅક્ટેરિયોફેઝ અથવા પ્લામિડની નકલોની સંખ્યાને સમકક્ષ ગુણન કરાવી શકીએ છીએ.