એક્સોન્યુક્લિએઝ $DNA$ ના છેડા પરથી ન્યુક્લિઓટાઈડ્સ ને દૂર કરે છે, જ્યારે ઍન્ડોન્યુક્લિએઝ $DNA$ ની અંદર ચોક્કસ સ્થાન પર કાપ મૂકે છે.

  રિસ્ટ્રિક્શન ઍન્ડોન્યુક્લિએઝનો ઉપયોગ જનીન ઇજનેરીવિદ્યામાં પુનઃસંયોજિત $DNA$ અણુ બનાવવા માટે કરવામાં આવે છે કે જે વિભિન્ન સ્રોતો / જનીન સંકુલ (genomes)માંથી પ્રાપ્ત થતા $DNA$ ભેગા થઈને બનેલ હોય છે.

          એક જ રિસ્ટ્રિક્શન ઉત્સેચક દ્વારા કાપવાથી પ્રાપ્ત થનારા $DNA$ ના ખંડોમાં સમાન પ્રકારના ચીપકુ છેડા (sticky end) હોય છે અને તેને $DNA$ લાયગેઝની મદદથી એકબીજા સાથે છેડાથી છેડા-end to end) જોડી શકાય છે

સામાન્યતઃ જ્યાં સુધી વાહક અને સ્રોત $DNA$ ને એક જ રિસ્ટ્રિક્શન ઉત્સેચક દ્વારા કાપવામાં ન આવે ત્યાં સુધી પુનઃસંયોજિત વાહક અણુનું નિર્માણ થઈ શકતું નથી.