વાસ્તવમાં $Bt$ વિષકારી પ્રોટીન પ્રાકૃતિક રીતે નિષ્ક્રિય પ્રોટોક્સિન (protoxin) સ્વરૂપે હોય છે. જે પણ કીટક આ નિષ્ક્રિય વિષને ખાય છે ત્યારે તેના ક્રિસ્ટલ આંતરડામાં આલ્કલાઈન $pH$ ના કારણે આ નિષ્ક્રિય સ્ફટિકમય પ્રોટીન દ્રાવ્ય થતાં સક્રિય સ્વરૂપમાં ફેરવાય છે. આ સક્રિય વિષ મધ્યાંત્રની સપાટી પરના અધિચ્છદીય કોષો સાથે જોડાઈને તેમાં છિદ્રો ઉત્પન્ન કરે છે, જેના કારણે કોષો ફૂલીને ફાટી જાય છે અને આખરે કીટકોનું મૃત્યુ થાય છે.