પાણી દ્વારા પરાગનયન ખૂબ જ ઓછી માત્રામાં લગભગ $30$ જેટલી મર્યાદિત પ્રજાતિઓમાં જોવા મળે છે. જેમાંની મોટા ભાગની જલીય એકદળી છે.

નીચલી કક્ષાની વનસ્પતિઓ જેવી કે લીલ, દ્ધિઅંગી અને ત્રિઅંગીઓમાં પાણી એ નરજજુના સ્થળાંતર માટેનું નિયમિત વાહક માધ્યમ છે.

નરજન્યુના વહન અને ફલન માટે તેમને પાણીની જરૂરિયાત રહેતી હોવાથી દ્ધિઅંગી અને ત્રિઅંગીઓનું વિતરણ સીમિત હોય છે.

જલપરાગિત વનસ્પતિઓના કેટલાક ઉદાહરણોમાં વેલેરનેરિયા, હાઇડ્રીલા, મીઠા પાણીની વનસ્પતિઓ છે. જયારે દરિયાઈ ઘાસ જેવા કે ઝોસ્ટેરાનો સમાવેશ થાય છે.

મોટા ભાગની જલીય વનસ્પતિઓ જેવી કે જળકુંભી (water hyasinth) અને જલીય લીલી (water lily)માં પુષ્પો જલસપાટીની ઉપર તરફ રહે છે. આથી સ્થળજ વનસ્પતિઓની જેમ કીટકો કે પવન દ્વારા પરાગિત થાય છે.

વેલેસ્નેરિયામાં, માદા પુષ્પો પોતાના લાંબા વૃન્ત વડે પાણીની સપાટી પર આવે છે અને નરપુષ્પો કે પરાગરજ પાણીની સપાટી પર મુક્ત થાય છે. તેઓ નિષ્ક્રિય (પરોક્ષ) રીતે (passively) જલપ્રવાહ દ્વારા વહન પામે છે. તેમાંના કેટલાંક માદા પુષ્પોના પરાગાસન સુધી પહોંચે છે.

જલપરાગિત વનસ્પતિના અન્ય સમૂહ જેવા કે, દરિયાઈ ઘાસ (sea grasses)માં માદા પુષ્પો પાણીમાં નિમગ્ન રહે છે અને પરાગરજ પાણીની અંદર મુક્ત થાય છે. આવી જાતિઓમાં પરાગરજ લાંબી, પટ્ટીમય (ribbon like) હોય છે અને પાણીમાં નિષ્ક્રિય રીતે (પરોક્ષ) (passively) વહન પામે છે. તેમાંની કેટલીક પરાગાસન સુધી પહોંચે છે. મોટા ભાગની જલપરાગિત જાતિઓમાં પરાગરજ ભેજથી રક્ષણ માટે પ્લેખથી આવરિત (mucilaginous covering) હોય છે.

વાત અને જલ બંને પરાગિત વનસ્પતિઓમાં પુષ્પો રંગબેરંગી હોતાં નથી.